列奥纳多与德·普雷迪斯兄弟俩合作的结晶是一幅精美绝伦而又不乏神秘色彩的画作——《岩间圣母》。神秘的色彩部分是画作本身散发出来的：作品给人的感觉令人难以捉摸，色彩有些朦胧，画中人物处在与世隔绝的环境中。此外该画的神秘还是由于历史原因造成的。关于此画的文字记载不少，但这些记载却有些混乱，相互矛盾。《岩间圣母》具有两个不同的版本，虽有些相似，但并不完全一样，到底哪一幅是真作一直是众说纷纭。基本达成的共识是藏于卢浮宫的那一幅创作时间要早一些，应该是作于1483－1485年，基本上是列奥纳多独立完成的，而藏于伦敦国家美术馆那幅的时间则要晚一些，由列奥纳多与安布罗焦·德·普雷迪合作完成。关于两幅画之间到底相差多少时间，全在于你对那些史料的理解。
不管怎样，对此画开始之初的情况人们似乎并不存在疑问。此画的合同于1483年4月25日签订，由一个名叫安东尼奥·德·凯皮塔尼的公证人起草。这份合同是从一个世纪之前的历史文档中找到的，是最早能证明列奥纳多来到米兰的证据。合同一方是列奥纳多（上写“佛罗伦萨的列奥纳多·达·芬奇大师”）、伊万杰利斯塔和安布罗焦·德·普雷迪，另一方是一家名叫“无沾成胎协会”的宗教组织。列奥纳多的任务是为该协会在圣弗朗切斯科·格兰德教堂的小教堂绘制一幅祭坛装饰画（即上面呈弧形的祭坛画）。这是一份能光宗耀祖的合同。圣弗朗切斯科·格兰德教堂是维斯孔蒂家族于14世纪初期所建，是继大教堂之后米兰最大的教堂。（1576年该教堂被毁，如今那里驻扎了加里波第兵营。）尽管这个协会外面布满了各式宗教饰品，但它不过是由米兰豪门显贵组成的一个组织森严的俱乐部，其成员有：科廖家族、卡萨蒂家族、波佐博内利家族等。
三位艺术家要绘制三幅木版画，由一幅高6英尺、宽4英尺的中心画和两幅尺幅小一些、起衬托作用的边画组成。合同对画的尺寸有详细的规定，因为这三幅画是要放入一个已经制好的木制画框里，这个精心制作的画框出自雕刻师贾科莫·德尔·马诺之手，框上有用浅浮雕刻画的人像。除了绘画之外，三位画家还要负责给画框涂色和镀金，如有需要还要随时进行修补。我们大致能猜出工作的分工：擅长绘制微型画的伊万杰利斯塔、负责装饰画框；宫廷画家安东尼奥负责绘制两幅边画，而中心画则当仁不让地由那位佛罗伦萨大师负责。
合同最后期限是第二年的12月8日，即“无沾成胎节”那一天。签订合同那天离交货时间还不到8个月，时间非常紧张。委托方支付的酬金是800里拉，虽然数目还算可观，但酬金的支付方式却过于拖沓，给画家造成了极大的不便。三位画家在1483年5月1日先拿到100里拉的定金，然后从1483年7月开始每月收到40里拉。此画的交付时间是1483年12月，所以交付前有超过一半的酬金画家们无法拿到手。跟列奥纳多与圣多纳托教堂的修道士们为《博士来拜》签订的合同一样，这份合同也过于小气。这只是整个过程的开始，但从这清晰的一刻开始，事情又迅速转入我们更为熟悉的列奥纳多式的模糊不确定性。
《岩间圣母》无疑就是为这份订单而作的，但令人费解的是作品最后却偏离了客户的要求。按照合同的规定，中间那幅画上圣母子身边应该围着一圈天使和两个先知，每幅边画要出现四个天使，或唱歌或弹奏乐器。除了圣母子之外，《岩间圣母》没有符合合同中任何一项规定，天使只出现了一个，先知更是无影无踪，却凭空多出个小圣约翰。每幅边画上也只出现了一个天使。
有人解释说，列奥纳多签订合同之前就已经开始绘制此画，那时可能尚处于草图阶段。不管合同如何规定，他最终还是坚持完成了这幅作品。肯尼思·克拉克认为藏在卢浮宫的《岩间圣母》实际上开始作于佛罗伦萨，他认为《哺乳圣母》也是开始画于佛罗伦萨。[218]这幅作品无疑带有一股佛罗伦萨的气息，这种气息表现在俊俏的脸部、头部的运动和带有小卷的长发，而且圣母和天使还带有韦罗基奥的风格。不管怎样，这正是人们期望看到的，也是米兰的客户希望看到的。他们选择列奥纳多创作此画，正是因为他们想看到佛罗伦萨老练复杂的风格。而伦敦那幅创作时间晚一些的《岩间圣母》却给人一种别样的感觉。它更为严肃一些，人物脸部发出一种苍白的光泽。与前一幅相比，整幅画给人一种单调、悲伤、孤单之美。如果巴黎那幅作品的色彩有些朦胧，那么伦敦这幅则具有更为鲜明的月光般的边线。后面这幅图中圣母头上还多了一个光环，看起来像是满足那个协会的死板要求，这在前面一幅以及列奥纳多在佛罗伦萨画过的所有圣母像中从未出现过。
这两幅画之间到底有何关系仍是不解之谜。后来关于这个问题出现了一系列正式文件，距离现在最近的一份写于1508年，是合同签订25年后写的。这些文件也没能将这个谜解释清楚，大部分时间只是在互打笔战。这些文件达成的共识是三位画家是在约1485年的时候交的差，但在酬金问题上人们的说法却不大相同。酬金的问题一直悬而未决，1492年左右列奥纳多和安布罗焦·德·普雷迪联名给卢科·斯福尔扎写了一份申请书，希望他能帮他们把工钱讨回来。该文件以极其简洁精炼的方式将那幅画描述成“上述那个佛罗伦萨人所作的圣母像”。我们从文件上得知，他们要求结算余额1200里拉，声称按照合同条款，他们已经拿到的800里拉甚至还不够支付画框的开销。那个协会对此的回应是仅仅提供微不足道的100里拉。两个画家现在要求获得更公正的待遇，或者希望能够拿回那幅画，因为有人对此画感兴趣想买下来。这里提到的另一个潜在的客户给了我们一个暗示。那个感兴趣的买主是否就是卢###科本人？1493年马克西米连皇帝与卢###科的侄女比安卡·玛利亚成婚，《岩间圣母》是否就是结婚当天卢###科作为结婚礼物送给皇帝的那件不知名的祭坛画呢？安东尼奥·比利的笔记是最早关于列奥纳多的传记，其中有一段可以证明那个礼物就是那幅画，他说：“他专门为米兰公爵卢科作了一幅祭坛画，该画据说是世界上最迷人的一幅画。伯爵将此画送给了德国的皇帝。”那幅《岩间圣母》是惟一一幅人们知道的他画于米兰的祭坛画。实际上，此画并非如比利所说的那样，是“专门”为卢科所作，但有充分的理由相信是卢###科于1492年或1493年从“无沾成胎协会”买下来的，然后作为礼物送给了马克西米连。安布罗焦本人那个时候就在因斯布鲁克的皇宫里，这使这个观点更为可信。
《岩间圣母》被赠给德国皇帝，这可以解释它为什么最后会留在卢浮宫。卢浮宫里的一些列奥纳多的作品是由列奥纳多本人于1516年带到法国的，但没有事实证明《岩间圣母》也在其中。《岩间圣母》很可能伴随哈普斯堡皇室的收藏品一起于1528年或之后运到了法国，当时马克西米连的孙女埃莱奥诺拉嫁给弗朗索瓦一世，《岩间圣母》最后辗转来到卢浮宫。1625年此画就已经在法国了，当时卡西亚诺·德尔·波佐在枫丹白露看到过它。
伴随这一理论的是，伦敦版本的《岩间圣母》的来龙去脉也有了头绪。这幅画是为“无沾成胎协会”画的，作为送给那个皇帝那幅画的替代品。这样看来，伦敦那幅应该是列奥纳多离开米兰的时候开始创作，即1493年至1499年之间的某个时候。在1503－1508年之间的诉讼中提到的《岩间圣母》应该是伦敦这幅，而非巴黎那个版本。藏于温莎的一幅红粉笔画的可爱小孩侧面像可以证明上述时间的准确。小孩的姿势与伦敦版本的小基督的姿势如出一辙，该素描的画风也是15世纪90年代中期的典型风格。
《岩间圣母》是列奥纳多最为神秘的作品之一。初看此画，你很快就会注意到画的前景中那几只形形色色的手——圣母的手为圣子遮光，天使的手指向一处，孩子的手作祝福状。
画中岩洞的景色已有前人画过，比如菲利波·利比的《基督的诞生》（藏于柏林），以及曼特尼亚的《博士来拜》（作于15世纪60年代初，是为曼图亚的贡扎加家族所作）。这两幅画都将基督的诞生地设置在一个不大的岩洞里。不同之处在于：在列奥纳多这幅画里，小基督与圣约翰竟然碰面了，按照传统两人应该是在圣家族离开埃及的途中相遇。（两人的相遇并没有出现在《圣经》里，而是出现在圣雅各写的福音书中。）岩洞里荒无人烟，按照文艺复兴时期的理解，那是个人迹罕至的地方。在列奥纳多这幅最为静谧的画中似乎暗藏着一段故事。圣母子一家人走了一段路之后，人困马乏，停下来休憩一下，但天色已晚，她们决定在岩洞里过夜，洞里虽然条件艰苦，却可以保护一家人的安全。我前面已经提到过“岩洞”这个主题，这个主题出现在写于1480年那段精彩的短文中，收录在《阿伦德尔抄本》中。这幅画不正表现了黑乎乎的洞中藏着的那个“奇妙之物”。望着此画，我们不禁恍然大悟。我们似乎变成文中那个叙述者，“来到一个巨大山洞的洞口，之前从未听说过这个山洞。我在洞口前伫立了半晌，惊讶万分……”
自然景观与虔诚的形象之间相互作用，一片美轮美奂的野花使之进一步加强，这些花都带有某些宗教象征。圣母头部右侧是耧斗菜（colomba），它的名字广为人知，象征了“圣灵的鸽子”（colomba）。圣母右手上面的植物名叫“蓬子菜”，传统上是马槽的象征。小基督脚下是仙客来，其心形的叶子使这种植物成为爱与虔诚的象征，他膝盖旁边是报春花的基生莲座叶丛，报春花代表美德，韦罗基奥的雕塑《手持一束花的女子》中的花也是报春花。跪着的圣约翰下面的植物也不陌生，它就是“茛苕”，一般种在坟墓上面，被认为是“重生”的象征，因为春天时节它光滑而美丽的绿叶会迅速生长。画中岩洞的檐口还挂着“金丝桃属植物”，或称“圣约翰花”，其黄色花瓣上的点点红色象征了圣约翰殉道时撒下的斑斑鲜血。画家与高品味的观者对这些联系的象征意义都是心知肚明的，但是画作的精确性和移情作用也表明这些植物并非虚构，我们看到的岩石和植物都是真实存在的，已经达到了神似的效果。作品的中心形象是圣母，受到“无沾成胎协会”顶礼膜拜，但从某种意义上说，她也是自然的女性化身——“所有主人的情人”，列奥纳多也为此花费了不少心血。
