| 第一次迁移：从北平到上海
1933年1月，日军进入山海关，局势险恶，迁移文物势在必行。行政代理院长宋子文代表政府作出“北平安静，原物仍运还”的承诺，并最终决定将文物迁往上海。
决定一出，周肇祥等人便放出话来，说只要文物列车启运，就会有人在铁路沿线埋炸弹，炸毁列车，同时还阻挠司机和搬运工人前往故宫[微博]运送文物。无奈之下，易培基只得给故宫博物院理事会秘书长李宗桐打电报陈述原委，李向代理行政院长宋子文请示，宋又电告北平市长周大文，周大文派法警将周肇祥密捕，直到文物驶出北平10天之后才把他放出来。1933年2月4日，故宫博物院院长秘书吴瀛接到文物准备起运的通知，前往故宫待命。
2月5日中午，大批板车拖进神武门，日落时分，从紫禁城到车站开始全面戒严，文物在天黑以后正式启运。沿途军警林立，街上空无一人，除了板车急驰的辘辘声，听不到一点别的声音。那时谁也没有想到，这一去，从此关山万里，海天相隔，他们以及一万九千五百五十七箱文物至今就再也没有回到故地。2月6日清晨，两列火车从北平西站出发，开往浦口。18节车厢上装着长三尺，宽、高各一尺半，浮贴着封条的两千余口木箱。木箱里除故宫的珍贵文献、书画、档案珍本外，还包括无价之宝——全套文渊阁《四库全书》。列车开启，沿途有各地方军队保护，车顶四周架机关枪，车厢内遍布持枪宪警。此外还有张学良的马队随车驰聚，警戒护卫。除特别快车外，其余列车都要让道给文物列车先行。重要关口，车内熄灯。这是国宝在长达十六年的迁徙中待遇最好的一次。此后条件日劣，再没有更多的人力物力可用以保护迁移的文物。虽如此，所有文物仍无一损毁或丢失。
为防日军轰炸，列车绕开天津，由平汉线转陇海路再转津浦线，一路上只在添水加煤时才停车。车一停，押运人员赶快下车，把每列车厢上的封条检查一遍。列车最终到达浦口后发现，由于此行仓促，浦口根本没找到适合保存文物的地点，所有文物必须留在火车上，而火车上的条件不可能长期保存娇贵的古籍善本、书画文献。负责押运的故宫人吴瀛、那志良和同事们心急如焚地等了足足一个月之后，才收到将文物转运上海的指示。国宝最终存放于上海天主堂街仁济医院及四川路业广公司内，北京故宫博物院驻沪办事处随之成立。此后，又有包括瓷器、玉器、铜器、书画、文献、档案等精品在内的四批文物陆续运到上海，前后总共5批合计19557箱。文物在上海保存了四年，其间还挑选了八十箱精华之物，前往英国举办“伦敦中国艺术国际展览会”，轰动一时。
第二次迁移：三路转运大后方
日军入侵，国军节节败退，国民党政府决定迁都重庆，并下令转移文物。同时撤运所有文物来不及，就由工作人员分三队带着文物沿南中北三路运往大后方。1937年8月，故宫文物迁移中最艰巨的一段开始。
南路：南京--汉口--长沙--贵阳--安顺
押运人员：庄严、曾湛瑶、那志良、朱家济、李光第、郑世文
1937年8月14日，招商局“建国轮”装上首批西迁文物80余箱(主要包括曾送往伦敦展览的精品)由南京水路运至汉口，然后转汽车抵长沙，存放在湖南大学图书馆的地下室。故宫博物院院长马衡计划在附近的山上开一个山洞来贮放文物。计划还未实施，日军开始对湖北、湖南轮番轰炸，长沙危险，行政院赶紧下令将文物迁至贵阳。这次的迁移非常及时，迁走不到一个月，湖南大学图书馆就被敌机炸平了。幸而文物已及早转移，没有任何损失。南路迁运路线非常曲折。因当年的湘西一带时有土匪抢劫，为文物安全，湖南公路局先派出十辆汽车绕道广西桂林、柳州，车至广西边境，由广西公路局派卡车接运。到贵州边境，再换贵州公路局车辆。1938年1月车到贵阳，11月文物转移到更为安全的安顺华严洞储存，并成立故宫博物院驻安顺办事处。1939 年4月13日，南京古物保存所文物五箱计有秦汉古剑等珍贵文物118件也移藏华严洞。
中路：南京--汉口--宜昌--重庆--宜宾--乐山安古镇
押运人员：马衡、杭立武、吴玉璋、牛德明、李光第、徐森玉、朱学侃、刘官鄂、梁廷炜
一听说有船可以去汉口，故宫工作人员立即先抢运了两千多箱文物上船。押船的人也是临时派的，必须在几个小时之内，回去携眷属整行李。单身人士还好点儿，有家的不免手忙脚乱。有人回家一看，什么都不舍得丢下，又拿不走，最后只带了桌上放着的一把摺扇。还有的不知到底该带什么，情急之下，竟然与太太一起背了家里的一张方桌出来。等同事们问他带这个干什么?他又仓皇地想要背回去。最后把桌子扔在了码头上。这些还算好，毕竟是一家人还在一起，而有的人就没那么幸运可以和家人在一起了。比如梁廷炜，自己负责中路文物的押运，儿子梁匡忠却是跟着最危险的北路一起出发的。
文物到达汉口不久，南京沦陷，汉口也随时有被轰炸的危险。此时国民党政府迁往重庆，为确保安全，存汉口文物不得不仓促运往宜昌，后又分批运抵重庆。由于文物数量大，直到1938年5月才全部运抵重庆。之后院长马衡及办事人员先后到达，成立故宫博物院重庆办事处。
北路：南京--徐州--郑州--西安--宝鸡--汉中--峨眉
押运人员：马彦祥、王志鸿、吴玉璋、蒋鼎文、那志良、黄贵生、梁匡忠
北路是三路中最为艰辛的路线。
北路的启运开始于1937年11月，那时南京一片混乱，调度车船极其困难，抢运装箱也异常艰苦。工作人员只能以车站为家，有车来了，就跳起来装箱，遇到警报，只能就地躲在车下，最后总算运出了7281箱文物。
文物经徐州、郑州到达宝鸡后，潼关形势突然紧张，文物又马上转移汉中。宝鸡到汉中没有火车，须用汽车运载。当时负责押运的那志良一算，七千多箱文物，需要至少三百辆车次，战火之中，实属不可能的任务。经多方联系，西安行营伸出援助之手，答应把文物的运输列在军运之内，车辆问题才算解决。
1938年4月，文物全部运抵汉中，大家一口气还没喘过来，就听到敌机轰炸汉中机场的消息，文物被迫再次离开。刚离开汉中，汉中便遭敌机轰炸，原储存文物的库房，也中弹炸毁。此时看来看去，只有西南还算相对安全，行政院一个命令下来，文物转运成都。
据那志良后来回忆说，“汉中到成都有五百多公里，全靠汽车运输。途中有五个渡口，没有桥梁，必须用木船载汽车过河。汽车上船后，用人力把木船向上游拉一段路程，再放了绳索，任其顺流而下，借水势拢到对岸。”
那志良原本估计，这样的行程，每一车次需要两天时间。没想到所有的文物花了十个月才全部到达成都。一路上真是艰险重重：找不到车，找到车却没有汽油，进入四川之后蜀道难于上青天，乃至途中频频翻车……至于沿途吃、住之苦更不在话下：黑米饭，馊馒头拉得出“丝”，旅馆满是臭虫，洗手间设在猪圈里……好不容易抵达成都之后，重庆被炸，成都也不安全，文物再次往一百五十公里外的峨嵋运送，最后终于在峨嵋安定下来，成立了故宫博物院峨嵋办事处。
1945年8月，抗战胜利，分散在安顺、峨嵋、乐山的文物又集中到了重庆，等待长江水涨，能行大船，“即从巴峡穿巫峡”，越长江三峡运回南京。
第三次迁移：风雨中鼎轮
原本的计划将文物运回北京，但战争的爆发使北运计划搁浅下来。徐蚌会战，解放军取得了决定性的胜利。国民党政府危险的局势使杭立武心急如焚。这时的他已经担任了国民政府教育部政务次长、故宫博物院理事会理事等职务。作为抗战时期文物战略性大转移的负责人之一，杭立武忧心的并不是个人安危，而是那一批他为之尝艰辛、历磨难，九死一生而从不生悔的故宫国宝。杭立武对共产党没有更深的认识，缺乏了解，他只是单纯认为战争可能会对这些国宝会带来危害。
1948年11月10日，翁文灏、朱家骅、王世杰、傅斯年、徐鸿宝、李济、蒋复璁和杭立武在翁文灏位于南京的官邸中进行了一次非正式的会谈，并形成了三条决议：1、故宫文物迅速迁台;2、中央图书馆的藏书和文物一并迁台;3、中央研究院历史评议研究所的图书与文物也一起迁台。
1948年12月21日，又是一个萧瑟的冬日，国民党海军“中鼎号”运输舰悄然驶进南京下关码头。11年前，为躲避日寇的烧杀抢掠，南迁文物也是从下关码头出发的。同样的码头，同样的冬日，甚至连人都一样——杭立武。不同的是，当年的目的地是西南大后方，这次的目的地是台湾北部的基隆港码头，一个对很多人来说完全陌生的地方。
12月22日清晨，中鼎轮起航。船上装着712箱精心挑选，价值连城的精品文物，分别来自故宫博物院320箱、中央博物院筹备处212箱、中央图书馆60箱、中央研究院历史评议研究所120箱，另有外交部重要档案60箱。文物都放在中间的大舱，一个一个的木箱摞起来，用绳子固定住，上面包着油布。在海上航行的那几天里，一部分工作人员晚上就用梯子爬上去，睡在文物箱子上面。押运总负责人由李济之担任，其他专家分别是：故宫的庄尚严、刘奉璋、早若侠、黄坚，中博筹备处的谭旦冏、麦志诚，中图的王省吾，中研院史语所的李光宇。此外，专家们的家属也随同一起前往台湾。为使家属们的随船更名正言顺，文物小组给他们安上了工作人员的名号。比如庄尚严的几个儿子，小的不过十来岁，也都是文物押运员。
12月的台湾海峡，风浪很大，还时有大雨。中鼎轮是平底船，在江河中行驶还算平稳，到了海上颠簸得厉害，很多人都晕船，严重的到后来已经吐无可吐，吐出来的全是胃酸。最有趣的是，桂永清没上船，但托工作人员将自己的一条大狗带去台湾。没想到这狗晕船晕得比人还厉害，一晕就叫，叫完就吐，还得劳烦一个水兵专门去伺候它。到了晚上，海风的呼啸声、海浪的轰鸣声、大狗的狂吠声、木箱相互之间的撞击声交织在一起，不知船上本来就自觉是逃难的人们是否倍感凄惶?
在海上漂泊了四天，中鼎轮到达基隆港。据庄严的儿子庄灵回忆，那天刚好是大晴天，风平浪静，船停泊在港湾里，大太阳底下，山峰翠绿，海水碧蓝。第一批来台文物终于暂时安顿了下来。
第四次迁移：仓皇海沪轮
1948年底，第二批文物很快挑选了出来。这是迁台文物中最多的一批，共3502箱，包括故宫1680箱。中央博物院筹备处486箱，中央图书馆462 箱，中研院史语所856箱，北平图书馆18箱。其中故宫运出的文物尤为重要，不仅有宋元瓷器精品和存在南京的全部青铜器，还包括全套文渊阁《四库全书》和离藻堂《四库全书荟要》。《四库全书》共七部，故宫文渊阁所藏是第一部，也是缮写得最为完整的一部，共3459种，36609册。《四库全书荟要》系四库全书重要部分的摘录，供皇帝随时取阅之用。全书仍分经、史、子、集4部，473种，11178册。《四库全书荟要》共缮写了两部，一部存于紫禁城御花园的离藻堂，另一部存于圆明园味腴书室，后毁于英法联军火烧圆明园之时。也就是说，运去台湾的这一部《四库全书荟要》，已是世上所存之唯一了。 负责押运这批文物的人是：故宫博物院的那志良、吴玉璋、梁廷炜、黄居祥;中央博物院筹备处的李霖灿、周凤森、高仁骏;中央图书馆的苏莹辉、昌彼得、任简;中研院史语所的董同和、周法高、王叔岷。
第二批国宝运到了下关码头，等待装船，但这时的海军总司令桂永清已经再也派不出一艘军舰了。杭立武只得与招商局联系，包租了招商局的轮船海沪号。
五天后，中共方面对外公布了首批43名战犯的名单，除蒋介石名列榜首之外，翁文灏的名字也赫然在列。名单公布的第二天，海沪号驶离下关码头。
这一次的文物运输很顺利，码头没有海军眷属抢占船舱，航行中没有风浪和狗吠扰人心绪，海沪轮本身又宽敞又平稳。1949年1月9日，第二批文物到达基隆。12日，除中研院史语所的文物留在杨梅外，其余全部运往台中糖厂仓库。
第五次迁移：飘摇昆仑舰
第三批文物的搬运开始紧锣密鼓地进行了。
1949年1月10日，徐蚌会战结束，解放军全面胜利，进入南京指日可待。1月14日下午，中央博物院筹备处紧急召开理事会，出席的理事有朱家骅、张道藩、徐鸿宝、萨本栋、傅斯年、胡适、翁文灏和杭立武。会议最后决定尽量将尚留在南京的4000箱文物全部运到台湾，并聘请代理主任杭立武为中博筹备处的正式主任。
1月28日，农历新年的除夕，南京城内细雨连绵。2000箱国宝露天堆放在下关码头已经好几天了，木箱上面盖着挡雨的油布，静静地等待着运送它们去台湾的船只。
没有船。这时的南京，交通非常紧张，连火车顶上都站满了人。此前杭立武已经找遍了全城，也没有租到一艘商船。万般无奈之下，他只有再向桂永清求助。
28日下午，桂永清派出的昆仑号军舰终于抵达下关码头。但这艘船并不是专为文物而来，它另有任务，只能在下头码头停留24小时，文物必须马上装船，否则过时不候。而此时正值除夕，码头工人都想回家过年，不愿意干活。
工人方面还没谈妥，得知昆仑舰将去台湾的海军总部官兵和家属们又来了。跟上次中鼎轮一样，人们再次蜂拥而上，昆仑号两个船舱很快被他们占了一个，剩下的一个，只能放下500箱文物。
杭立武再次请出桂永清。然而这一次，桂永清也不起作用了。以当时时局的紧张程度，人人想要逃难，既上了船，就不肯再下。桂永清一上船，还没开口，整个船舱里的男女老少便放声大哭。对着自己的老部下和他们的眷属，海军总司令“希望大家以国宝为重”的话实在是说不出来。最后的解决办法是打开舰上全部的官兵卧舱，尽量容纳下所有的人，文物则分别送到甲板、餐厅和医务室。
安顿好官兵和眷属，再答应给工人发放新年特别奖金，2000箱文物终于开始装船。由于临时容纳了太多的人，导致故宫文物中有728箱，中图文物中有28箱没能上船，重新运回了原仓库。已经上船的文物1248箱，包括故宫972箱，中博筹备处154箱，中央图书馆122箱。这批文物的运输原计划由故宫博物院文献馆馆长姚从吾先生总负责，由于姚从吾先行赴台布置工作，后改由各机关共同负责了。参与此次押运的人员分别是：故宫博物院的张德恒、吴凤培，中博筹备处的索予明和中央图书馆的储连甲。 临起航时，又有四口箱子赶到了下关码头。四口箱子里，装的是日本战败后归还我国的第一批被劫文物。
第六次迁移：白市驿机场
1949 年10月14日，国民党政府从广州迁到重庆。某日，“河南省政府主席”赵子立带着一班逃亡重庆的河南官员找到杭立武，说河南博物馆有69箱文物，抗战时期从西安转移到了重庆，抗战胜利后，河南方面没有急于将这69箱文物运回，一直还放在中央大学柏溪分校的防空洞里。
河南博物馆，1927年6月在冯玉祥将军的倡议下正式成立，地置位于开封市三圣庙。抗战爆发后，博物馆精心挑选了珍贵文物5678件，拓片1162张，图书1472册，分装69箱运往汉口法国租界，后又循陇海铁路西行宝鸡，再由汽车运抵重庆，存放在中央大学柏溪分校的防空洞内。这69箱文物计有陶器23箱、铜器34箱、玉器1箱、瓷器1箱、甲骨2箱、织锦1箱、图书6箱、档案卷宗1箱。
赵子立的话引起了杭立武极大的关注。他知道河南博物馆的藏品多来自于安阳、新郑、洛阳、辉县，都是殷商时期的繁华胜地，其出土的文物价值之高，丝毫不让于故宫和中博。当时有学者对河南博物馆有这样的评价：“统中国博物馆所藏物品，除故宫博物院外，河南博物馆堪居第二之位置。”
听完杭立武的汇报，蒋介石当即决定运走该批文物。此时海路早已不通，只能走空运的路子。蒋介石的指示下到空军司令周至柔处，命其不惜任何代价，一定要抢运这批文物去台湾，同时又命令行政院副院长朱家骅直接负责此事。朱家骅接到任务，转头便交给了杭立武。的确，再没有比杭立武更合适的人了。
杭立武接下任务，立即四处联系运输事宜。69箱文物要从柏溪运到白市驿机场，需要足够的人力、船只、车辆，但那时重庆局势相当混乱，交通工具紧张，国民政府的官员们每个人都有自己的困难和小算盘。杭立武一边在这些人之间周旋，签字、办手续，一边派“教育部”总务司司长班镇中、社教司司长程行可和专员何九思三人赶赴中央大学柏溪分校。
周至柔也派出了两架国民党空军运输机，编号分别为306和233，专门运送河南文物。运输机空间狭小，没有办法装下所有69箱珍宝，而形势逼人，空军既不可能再派出更多的运输机，也不可能为运输文物在重庆台湾之间连飞两次。杭立武思来想去，觉得第一，我们已经把文物的精华，差不多95%都运到台湾了。第二，中共不像日本人。对日本人而言，一个国家不是他的文化，就算他任意摧残，也不会觉得有什么不好的感受。而共产党毕竟是中国人，对待中国的文化应该不会像日本人那样。相信这些文物，中共也不会像日本人那样任意地把它处理，也一定会保管它的。因此，河南博物馆从这69箱文物中只选出了38箱精品运往台湾，这38箱包括陶器17箱、铜器11箱、玉器1箱、甲骨2箱、织锦1箱、图书5箱以及档案卷宗1箱。现在这些文物都完好的存放在河南博物馆里。
这批文物一直由后来成立的“国立中央博物图书院馆联合管理处”代为管理，1956年3月，台湾“国立历史文物美术馆”，即现在的“国立历史博物馆”的前身在台北成立。经在台的河南籍人士同意，这38箱精品文物移交该馆。可以说，如今的台湾“国立历史博物馆”就是在这38箱文物的基础上建立起来的。
第七次迁移：最后的飞离
12月9日，成都新津机场，国民党当局一批政府官员——“行政院”院长阎锡山、副院长朱家骅、秘书长贾景德、“政务委员”陈立夫以及“教育部”部长杭立武——即将从这里撤离大陆，前往台湾。飞机还没起飞，一帮人等候在机场上。别人还好，唯独阎锡山表现奇怪。他随身携带着两口箱子，一口被他坐着，另一口放在手边，神情恍惚，身体微摇。
直到朱家骅和陈立夫把他叫到一边，几句话一说，杭立武才知道，原来阎锡山的箱子里装的是黄金!而机场上的政府要员们，都正在为阎锡山的黄金犯愁——飞机小，人多，本身就已经超载了，如果阎锡山还要带上他的黄金，大家性命堪忧。但阎锡山此人，自辛亥革命组织太原起义，至1949年逃离大陆，长期统治晋绥一带，翻手为云，覆手为雨，人称“山西土皇帝”，想要劝他在这关键时刻放弃黄金，实属痴心妄想。
三人商议半天，没有结果。一筹莫展之际，一个谁也没想到的人——张大千——突然来了，带来了新麻烦。
张大千乘坐的是西南军政长官公署长官张群的座车。车子开得极快，风驰电掣冲进机场。车未停稳，张大千便跳下车来，径直走到杭立武面前说，他带来了78幅敦煌临摹壁画，要求与这批画同机撤离。
张大千的请求遭到朱家骅等人的拒绝，说飞机已经超载了，你那画又不只是几张轻飘飘的纸，那么重，还要加上一个你，怎么可能?
但杭立武知道，这78幅敦煌临摹壁画虽非古物，其价值并不低于真正的古物。他想要带走这批画，但眼前这架飞机的确再也载不下一个人和78幅画的重量了。朱家骅和陈立夫对杭立武说：“保护文物是你的责任，你要履责，我们不反对。你去说服阎锡山丢下黄金，把张大千和他的画带走吧。”
然而，杭立武毕竟非一般人可比，他转身从飞机上拿下了自己的行李，对张大千说：“这里有二十几两黄金，是我的全部积蓄，现在我把它丢下来，运你的画去台湾。但是，我有一个条件，这个画将来不属于你，你要捐给故宫博物院，捐给政府。”
张大千满口答应。
杭立武又说：“口说无凭，你要立个字据。”
张大千从身上摸出一张名片，当场在名片下写下了今后将画捐给故宫博物院的凭证。
就这样，最后一班飞机载着5名党国要员，一名艺术大师、两箱黄金和78幅名画，一同飞抵了台北松山机场。
此外，抗日战争胜利后，日本政府从1948年6月到1951年7月，将其在中国境内疯狂掠夺的部分珍贵文物分装109箱，分7批陆续归还中国。第一批4箱已由昆仑舰运至台湾，其余105箱则从日本直接运往高雄港，再转运台中糖厂。
如此算来，除张大千62幅敦煌临摹壁画和16幅私藏古画外，直接间接运往台湾的珍贵文物一共有5606箱。这5606箱文物中，属于中央研究院历史语言研究所和中央图书馆的，都相继归还，河南博物馆的文物送到了台湾国立历史文物美术馆，即后来的国立历史博物馆。剩下的3879箱25万多件文物属中博筹备处和故宫所有。
1965年8月，中博筹备处和故宫合并，1965年12月，台北故宫博物院正式成立，历经颠沛流离的国宝们，终于有了一个安稳的居所。
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