同题材的《海底总动员》和《鲨鱼传说》，是皮克斯和梦工厂激烈竞争最明显的表现
题材针锋相对
在对卡岑伯格咬牙切齿之余，皮克斯也尝到了跟迈克尔·埃斯纳打交道的恶果。《玩具总动员》上映后第二个月，迈克尔·埃斯纳便利用乔布斯的野心和拉塞特的童真空手套白狼了一部合同外的电影——《玩具总动员2》。
尽管当时皮克斯的大部分人员都被抽调过去支援《虫虫危机》，以跟《小蚁雄兵》对抗，但还是有少数精锐力量率领不少雇佣军留了下来继续制作《玩具总动员2》。这集故事虽然紧凑，影片长度却略显不足。以至于拉塞特不得不为空下的12分钟添些什么绞尽脑汁。尽管这是部制作缩水的续集电影，商业上却取得了巨大成功。该片成为当年年度总票房最高的动画电影，全美票房高达2.45亿美元，全球票房为4.86亿美元。这个成绩比皮克斯前两部电影的票房成绩高出许多。《玩具总动员2》在当时是历史上总票房仅次于《狮子王》的动画片。
制作《虫虫危机》和《玩具总动员2》时，皮克斯便已经开始了雄心勃勃的《怪兽公司》计划。通过这部影片，皮克斯可以进一步提升毛发的制作水准，彰显技术实力。可对皮克斯而言，这部影片的制作经历如同噩梦。由于当时皮克斯缺乏保密措施，怪兽选题同样外泄给了卡岑伯格。由于《怪兽公司》从创意到成型足足用了五年时间，梦工厂动画有充裕时间作出反应。2001年5月，梦工厂动画那部以怪物主角的《史瑞克》上映了。这只是噩梦的开始。
2001年10月，皮克斯同编年史出版社合作，出版了《<怪兽公司>设定集》。创作了许多儿童歌曲的罗莉·马德里发现，影片故事和自己创作的音乐剧有很多相似之处。她认为皮克斯公司抄袭了自己的作品，并将皮克斯告上了法庭。此时距离影片上映只有一个月的时间。假如此时法庭《怪兽公司》发布预先禁止令，迪士尼之前的宣传费用和影片因错过档期带来的一系列损失将无法估量。影片在全美3200家影院上映的前一天，法官决定不颁发禁止令。这个官司一直拖到次年6月才终结。法官最后判决，同样的噩梦不算侵权。
《怪兽公司》上映时，梦工厂发行了《史瑞克》的DVD以分散公众注意力。就在那个周末，《史瑞克》的DVD零售收入超过了《怪物公司》的票房收入。尽管后来《怪物公司》同样获得了一致好评，并超越了《玩具总动员2》的总票房成绩，却在奥斯卡颁奖晚会上输给了《史瑞克》。
2002年10月1日，《怪物公司》上映后不到一年又发生了一起版权纠纷。62岁的艺术家和插图画家斯坦利·米勒状告这部电影抄袭了的手稿。这场官司直到2006年才算了结。皮克斯和其他被告于米勒达成了一个不公开的协议。
内忧外患让皮克斯公司的高层感到透不过气。随后的日子里，皮克斯加强了保密工作。尽管如此，卡岑伯格仍会尽力打探皮克斯的项目内容，并在最短的时间制作出相同题材与皮克斯打擂台。皮克斯做《海底总动员》，梦工厂做《鲨鱼传说》；皮克斯做《料理鼠王》，梦工厂做《鼠国流浪记》；皮克斯做《机器人总动员》，梦工厂做《怪物大战外星人》……
尽管当年梦工厂的《埃及王子》获得了一致好评，却因成本和发行问题血本无归。此后迪士尼的《变身国王》《亚特兰蒂斯》和《星银岛》等片表现令人失望。传统动画在电脑3D动画面前显得有些力不从心。卡岑伯格也将工作重心转向了同皮克斯的死磕。
2010年，一部《驯龙记》炸开初夏市场后，梦工厂又推出了《史瑞克4》同皮克斯的《玩具总动员3》进行对磕。两个老对手的看家之作终于正面交锋了。这场战役谁胜谁负都不重要。重要的是，他们还将死磕下去，一如既往。
附录：皮克斯和梦工厂的争霸战
皮克斯 梦工厂
1995 玩具总动员
1996
1997
1998 虫虫危机小蚁雄兵、埃及王子
1999 玩具总动员2
2000
2001 怪物公司 11月史瑞克 5月
2002 (小马王)
2003 海底总动员(辛巴达)
2004 超人特攻队史瑞克2、鲨鱼传说
2005 马达加斯加
2006 汽车总动员篱笆墙外、鼠国流浪记
2007 美食总动员史瑞克3、蜜蜂电影
2008 机器人总动员功夫熊猫、马达加斯加2
2009 飞屋环游记怪物大战外星人
2010 玩具总动员3驯龙记、史瑞克4、超级大坏蛋
2011功夫熊猫2、靴猫
(电影发狂)