7月19日，“南澳Ⅰ号”第二阶段水下考古发掘工作出水的9500余件文物，在广东汕头市边防支队云澳边防派出所官兵的全程护送下运离南澳海域。文物将运抵广州市，并交由广东省博物馆进行处理、保护。这也表明“南澳Ⅰ号”2011年阶段性水下考古发掘正式结束。
考古发掘工作结束后，古沉船文物保护将成为关键问题。汕头市边防支队云澳边防派出所朱志雄所长告诉记者，边防派出所将对这片海域继续进行全天候监控。据了解，下次对“南澳Ⅰ号”的水下考古工作预计将在明年4月底或5月初继续展开。
记者采访了解到，从2007年5月云澳边防派出所官兵紧急出击，查获盗捞海底文物的不法份子开始，到“南澳Ⅰ号”发现至今，4年多的时间里，边防部队共出动警力5000多人次、出动公边摩托艇2000多艘次，发放文物保护宣传单5000多份，缴获文物共计195件。2010年，国家文物局专门给汕头公安边防支队云澳边防派出所颁发了“文物保护特别奖”。
明代沉船“南澳Ⅰ号”的抢救性发掘，被评为2010年度中国六大考古新发现之一。